Snouck Hurgronje adalah penganut Kristian Protestan di Belanda dan cenderung menjadi paderi Kristian sebagaimana ayah dan abang-abangnya. Setelah tamat sekolah menengah di Belanda, Snouck belajar di Universiti Leiden dan jurusan ilmu teologi dan sastera Arab, 1875. 1880 beliau telah menyiapkan tesisnya 'Mekaansche Feest' (Perayaan di Mekah). 1884 beliau dihantar ke Mekah untuk mengkaji kehidupan akar Islam di bumi Mekah bagi tujuan politik Belanda.

Beliau telah memeluk agama Islam di Mekah dan menukar nama kepada Abdul Ghaffar. Tujuannya adalah untuk mendapatnya kepercayaan daripada ulama Mekah.[perlu rujukan]

Di Mekah, beliau bekersempatan bertemu dengan seorang Arab yang pernah menjadi wakil pemerintahan Aceh, bernama Habib Abdurrachman Az-Zahir . Di Mekah, semua jemaah Islam bercerita tentang kejayaan Aceh menewaskan penjajahan Belanda. Punca kejayaan Aceh ini sangat menarik hati Snouck Hurgronje.[perlu rujukan]

Dengan bantuan Zahir dan Konsul Belanda di Jeddah JA Kruyt, beliau telah mempelajari kaedah bagi memenangi pertempuran di Aceh. Saranan-saranan Zahir bagi menawan Aceh tidak diendahkan oleh pegawai Belanda di Betawi ( Jakarta) Oleh itu 1886 Zahir telah menyerahkan buku cadangannya kepada Snouck Hurgronje yang ketika itu bertugas di Universiti Leiden.

Berdasarkan buku itu, Snouck Hurgronje meletakkan jawatan di Unversiti Leiden dan ke Indonesia 1887. Dia terus berhubung dengan ulama-ulama dari Serambi Mekah itu. 9 Februari 1888 hasil kajiannya tentang Aceh telah diserahkan kepada Gabenor Jeneral. Cadangannya itu disokong penuh oleh Pengarah Pendidikan Agama dan Perindustrian (PAP).

Dalam pelayaran ke Aceh dengan misi rahsia, beliau telah ditahan di pelabuhan Pulau Pinang kerana Gubenor Van Teijn melarangnya masuk Aceh pada 1 April 1889 . Beliau dituduh bergaul dengan pelarian dan berusaha masuk ke Aceh secara haram. Akhirnya Snouck ke Betawi pada 11 Mei 1889.

Kemudian dia menaiki kapal British dan sampai ke Aceh dan berjaya sampai ke istana sultan. Tentera Belanda masih mengangap Snouck Hurgronje sebagai perisik, lalu dihantar pulang ke Belanda.

Di Betawi, Snouck bekerja sebagai pegawai pemerintah. Dia dilihat akrab dengan penduduk Betawi termasuk para ulama. Oleh itu C. Pijnacker Hordijk membenarkan Snouck menjawat jawatan Penasihat urusan Bahasa-Bahasa Timur dan Hukum Islam sejak 15 Mac 1891.

9 Julai 1891 Snouck sampai ke Aceh dan menetap di Kutaraja , Aceh dan menjadi orang kepercayaan Van Heutz , Gabenor Jenderal Hindia Belanda (1904-1909).